La deforestación en Colombia en
el periodo 2000-2007 fue de alrededor de 336 000 hectáreas de bosque al año. La
destrucción de los bosque de alta biodiversidad como los encontrados en la zona
del Pacífico ha sido causa de la actividad ilegal de la producción de coca. Se
estima que desde el 2002 hasta el 2007 la zona sur del Pacífico colombiano
perdió una área de 14.322 km2 de bosque tropical, un área mayor a la de Jamaica
que mide 11.190 km2. La zona del Pacífico colombiano hace parte de Chocó
biogeográfico, una de las zonas más megadiversas y lluviosas del planeta. En el
Chocó existe el mayor porcentaje de endemismo del mundo para un área
continental, incluso para las aves; pero muchas especies endémicas están en
peligro de extinción.
Por
otra parte, la minería ilegal que afecta a 16 departamentos en Colombia, ha
causado considerables daños ambientales. La minería ilegal en Colombia ejerce
presión sobre la diversidad biológica y es una de las principales amenazas sobre
los ecosistemas en el país. En cuanto a la protección de los mares, Colombia
protege el 2% de ellos, cuando los acuerdos de diversidad biológica exigen el
10%.